Một dây chuyền sản xuất bánh quy cơ bản cung cấp sản phẩm đã nướng, nhưng lợi nhuận lớn nhất thường nằm ở các mặt hàng giá trị gia tăng. Đây là nơi việc tích hợp các mô-đun xử lý thứ cấp trở nên then chốt. Các hệ thống nội tuyến có thể tự động thêm các lớp mứt hoặc nhân sô cô la giữa hai đế bánh quy để tạo ra bánh quy sandwich. Máy rải kem có thể trang trí mặt trên bằng các hoa văn phức tạp hoặc lớp tráng men. Máy bao phủ có thể phủ sản phẩm bằng một lớp sô cô la hoặc lớp phủ sữa chua, sau đó là máy rắc hạt hoặc kẹo. Ưu điểm chính của một dây chuyền tích hợp là các quy trình này diễn ra liên tục trong khi bánh quy vẫn còn trên băng tải chính, duy trì tính toàn vẹn về cấu trúc (vì sản phẩm không được xử lý thủ công khi còn ấm và dễ vỡ) và đạt được tốc độ không thể có với các hoạt động thủ công ngoại tuyến. Sự tích hợp liền mạch này biến một chiếc bánh quy đơn giản thành một loại bánh kẹo cao cấp, có thương hiệu.
Cuối dây chuyền cũng quan trọng không kém: đóng gói. Các hệ thống đóng gói tích hợp được thiết kế để nhận sản phẩm đã hoàn thành, đã nguội trực tiếp và chia thành định dạng bán lẻ cuối cùng. Điều này có thể bao gồm từ các máy đóng gói dạng đứng (VFFS) đơn giản để đóng gói đến các hệ thống đóng hộp bằng robot phức tạp hơn, đặt bánh quy vào khay và hộp. Các dây chuyền đóng gói hiện đại thường kết hợp máy kiểm tra trọng lượng, máy dò kim loại và hệ thống thị giác để đảm bảo chất lượng cuối cùng trước khi niêm phong. Sự đồng bộ hóa giữa tốc độ sản xuất và tốc độ đóng gói được quản lý bởi bộ điều khiển dây chuyền trung tâm, tạo ra một đường ống tự động thực sự từ đầu đến cuối. Điều này không chỉ làm giảm chi phí lao động mà còn giảm thiểu sự tiếp xúc của sản phẩm với môi trường, tăng cường thời hạn sử dụng và vệ sinh.
Việc bổ sung các mô-đun xử lý và đóng gói thứ cấp làm tăng theo cấp số nhân độ phức tạp bảo trì của dây chuyền. Việc vệ sinh hàng ngày trở nên khó khăn hơn nhưng lại càng quan trọng hơn. Máy bao phủ sô cô la và máy rải kem yêu cầu vệ sinh bằng nước nóng tỉ mỉ để ngăn chặn sự kết tinh đường và sự phát triển của vi khuẩn trong các vòi phun và bơm phức tạp. Máy chiết rót mứt cần được khử trùng kỹ lưỡng để ngăn chặn quá trình lên men. Hàm, phớt và ống tạo hình của máy đóng gói phải được làm sạch hết vụn bánh quy hoặc dầu mỡ để đảm bảo các mối hàn kín, kín khí. Việc bôi trơn hàng ngày các xích và hướng dẫn trên các máy phụ trợ này là điều cần thiết, vì chúng thường có tốc độ chu kỳ cao.
Bảo trì theo lịch trình phải được mở rộng để bao gồm các hệ thống con mới này. Đối với máy bao phủ và bộ phận điều chỉnh nhiệt độ, điều này liên quan đến việc hiệu chỉnh các bộ điều khiển nhiệt độ và bảo dưỡng máy bơm. Đối với các bộ phận gắp và đặt bằng robot, điều đó có nghĩa là kiểm tra hệ thống khí nén, hiệu chỉnh camera hướng dẫn thị giác và kiểm tra dụng cụ đầu cánh tay để tìm dấu hiệu hao mòn. Máy đóng gói yêu cầu thay thế thường xuyên các bộ phận làm kín nhiệt, đai kéo màng bị mòn và lưỡi dao cắt. Các giao diện giữa băng tải chính và các mô-đun này—thường liên quan đến các tấm chuyển hoặc các chốt điều khiển bằng servo—là các điểm mòn quan trọng cần được kiểm tra và căn chỉnh thường xuyên. Việc phát triển và tuân thủ các lịch trình PM riêng biệt nhưng được đồng bộ hóa cho từng mô-đun gia tăng giá trị là điều cần thiết để đảm bảo rằng việc tìm kiếm các sản phẩm có lợi nhuận cao hơn không ảnh hưởng đến thời gian hoạt động và độ tin cậy tổng thể của dây chuyền.